新生兒疾病篩查是指對每個出生的寶寶，通過先進的實驗室檢測發現某些危害嚴重的先天性遺傳代謝性疾病，從而早期診斷、早期治療，避免寶寶因腦、肝、腎等損害導致智力、體力發育障礙甚至死亡。目前根據我國《母嬰保健法》要求至少開展先天性甲低（簡稱CH）和苯丙酮尿症（簡稱PKU）兩項篩查。
CH和PKU患兒在出生後往往缺乏疾病的特異表現，一般要到6月齡才逐漸出現固有的臨床症狀，並日趨加重，然而，一旦出現了疾病的臨床症狀，表明疾病已進入了晚期。即使治療，治療低下也難以恢復；相反，若能在出生不久發現疾病，確診治療，那麼極大多數患兒的身心將得到正常的發育，其智力亦可達到正常人的水平。新生兒疾病篩查，就是用一種儘可能簡單的方法，對全部的新生嬰兒進行普查，以期及早發現CH和PKU患兒，確診後給予有效的治療，從而保證了患兒的健康成長，疾病的療效和預後如何，完全取決於確診和治療的早晚。據報道，CH患兒如能在出生3個月內得到確診和治療，80%以上的患兒智力發育正常或接近正常。PKU患兒如能在生後3個內開始治療，其智力發育大多在正常水平上，3個月~1歲開始治療，其智商（IQ）多在60以上（IQ 90以上為正常），如患兒於1歲後開始治療，其IQ往往在60以下。有人報告，PKU患兒在1個月內接受治療，可不出現智力損害，半歲開始治療，智力可接近正常，1歲以後開始治療，IQ常在50以下。北京醫科大學第一醫院有一PKU患兒，在出生15天開始接受治療，三年後IQ為94；另一PKU患兒於6月齡開始治療，至8歲半時（國小三年級學生），IQ僅為73.另有報道，如果PKU患兒未經治療，95%的智力呈重度或極重度損害，而這種腦損害又是不可逆的。
