1、前列腺素E2引起
母乳中 “前列腺素E2”含量較高，其主要功用在於促進小腸平滑肌的運動，催生水分，增加電解質的產生，這會增加寶寶的排便次數，亦會使得便便呈現出稀溏狀。
2、乳糖不耐受
第二種可能性是指嬰兒體內缺乏“乳糖酶”，因為對母乳中的乳糖無法吸收。乳糖不耐受也分原發性和繼發性兩種。
3、原發性乳糖不耐受
如果是這種情況，則不需要改喂牛奶，嬰兒機體會漸漸適應，乳糖酶活性亦會增加，隨著輔食的新增就會逐漸好轉。另外需要注意，母乳餵養的媽媽在乳房吸空後不要讓嬰兒繼續吮吸，否則乳汁中脂肪含量增加可能引起脂性消化不良。
4、繼發性乳糖不耐受
這種情況是指少數寶寶對乳類或某些食物過敏，引發感染損傷腸道後，對某些物質如單糖、雙糖等不耐受。新生兒腹瀉怎麼辦？若寶寶的食物是母乳，則繼續用母乳餵養，而考慮到母乳後半部分有較多的脂肪，建議餵食的前奶多於後奶，這樣可以吸收更多的蛋白質而非脂肪。
在寶寶腹瀉期間，及時為寶寶補充水分是最緊迫最重要的工作之一。水分的流失凶猛而快速，如果寶寶長期處於脫水狀態，則會阻礙身體正常新陳代謝，情況將會變得非常不利，寶寶也很難恢復過來。嚴重的嬰兒腹瀉會導致寶寶發燒、嘔吐，如果寶寶在這段時期內口乾口燥、嘴脣開裂、少尿無尿、面板乾枯毛糙、眼窩和前囟下陷、哭時沒有眼淚等症狀，那麼寶寶很可能已經處於脫水的狀態了，一定要立即送往醫院。
