氨基酸代謝異常。這是不適宜吃母乳的寶寶之一。氨基酸代謝異常主要侵犯神經系統，是寶寶智力發育落後的重要原因。由於氨基酸代謝異常所引起的疾病，已經發現的病種達到70種以上。苯酮尿症就是其中的一種，是這70多種氨基酸代謝異常中比較常見的氨基酸代謝疾病。
苯酮尿症(PKU)。PKU是氨基酸代謝異常引起的一種疾病。屬常染色體隱性遺傳病。是體內缺少苯丙氨酸羥化酶，不能使苯丙氨酸轉化為酪氨酸，而造成苯丙氨酸在體內的堆積，嚴重的可干擾腦組織代謝，造成功能障礙，以致這類患兒生後常表現為智慧障礙。
乳糖不耐受綜合徵。這也是不適宜吃母乳的寶寶。乳糖不耐受綜合徵患兒，由於體內乳糖酶的缺乏導致乳糖不能被人體消化吸收，臨床常表現為嬰兒吃了母乳或牛乳後出現腹瀉。由於長期腹瀉不僅直接影響到嬰兒的生長髮育，而且可造成免疫力的低下，引發反覆感染。應暫停母乳或其他奶製品的餵養，而代之以不含乳糖的配方奶粉或大豆配方奶。
母乳性黃疸。母乳性黃疸，停母乳只是短期間的，一般是48小時左右，就可恢復母乳餵養。如果恢復母乳餵養後，黃疸再次加重，可再停喂1～2天。經過兩三次這樣的過程，寶寶就不會因為吃母乳而出現黃疸了，可以繼續母乳喂。
